Los salesianos llegaron a Salto en junio de 1920, a pedido del obispo de entonces, Mons. Tomás G. Camacho, para hacerse cargo de la Parroquia del Carmen, única iglesia de la ciudad.
Pero enseguida decidieron iniciar una escuela, que abrió sus puertas el 16 de agosto del mismo año, con sólo tres alumnos: Juan Martinelli, Raúl Devincenzi y Walker Moratorio. Sin embargo, a fin de año, los alumnos llegaban a 17.
El primer Director y Párroco fue el P. Agustín Aschieri, a quien acompañaban el P. Luis Ferrari, el P. Antonio Pedret y el Hno. Leandro Gil.
La primitiva casa de Florencio Sánchez 69, junto a la iglesia, poco a poco fue ampliándose, aunque modestamente. Hasta que en 1960, la Sra. Catalina Harriague de Castaños colaboró generosamente para que se edificara un gran colegio con frente a la calle Artigas, totalmente nuevo, amplio y moderno, cuyo completo equipamiento también ella costeó.
El mismo año, 1960, comenzó el primer año de Liceo, y los cursos se fueron extendiendo en los años siguientes.
En 1973 el Colegio se abrió también para las niñas.
En más de 80 años muchas generaciones de salteños se han formado en el Colegio Salesiano.